有說「阿賴耶識即如來藏本心，是第一因，能生萬法」，並引六祖「自性能生萬法」為證。

此說若不善分辨，易近於「實體本源論」或「第一因」見。

依大乘經論，可作如下辨析：
一、阿賴耶識與如來藏，經中有時會合說，有時分說。
如楞伽經有「如來藏藏識」之說，是為接引眾生，說明生死與清淨不二相依；然並非建立一個常住主宰、能創造萬法的神我（外道梵我）。
阿賴耶識，依成唯識論，乃種子識、異熟識，屬緣起流轉識體，本身亦是依他起、無自性，非究竟實體。

二、佛法不立「第一因」。
佛於楞伽經言：「我不說因、不說無因，唯說妄想攝所攝性、施設緣起。」
即破二邊：
不說實有第一因，
不說無因偶然生，
唯說緣起假立，無自性生。
若人執阿賴耶識或如來藏為「第一因」，能單獨生萬法，則已偏離緣起義。

三、六祖「自性能生萬法」，須依禪門語境理解。
出自六祖壇經：
「何期自性，能生萬法。」
此「能生」非指有一個實體自性如造物主般創生宇宙。

六祖所言「自性」，多是指實相心性、無執覺性；「萬法」則指一切緣起顯現。
其義近於：
萬法不離心而顯，離妄執則見性相不二。
故六祖亦說：
「本來無一物」
「即心即佛亦是假名，非可執取之物。」
若將「自性能生萬法」解作有一真實本體、第一因、宇宙根源，便與六祖破執本意相違。

簡要說：
阿賴耶識非第一因；
如來藏非神我本體；
六祖言自性能生萬法，是顯緣起不離心性，非立一個實體能生者。

佛法說緣起，超脫有無二邊；說本心自性，只為破執顯中道實相，不是為了建立一個俱實體的萬法主宰者。